Tente
apt-get update --fix-missing
Se não funcionar verifique se o source está correto
leafpad /etc/apt/sources.list
Apague tudo e cole o seguinte:
deb http://http.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
Salve e saia
apt-get update
Se não funcionar tente
1. apt-key adv --keyserver hkp://keys.gnupg.net --recv-keys 7D8D0BF6
2. apt-get update
3. apt-get install mana-toolkit